SECVENȚIEREA METAGENOMICĂ ÎN SUPRAVEGHEREA INTEGRATĂ A REZISTENȚEI LA ANTIMICROBIENE

Livia Țapu; Svetlana Colac; Veronica Burlac; Olga Burduniuc

doi:10.5281/zenodo.22070145

Autori

Livia Țapu Laboratorul științific Supravegherea rezistenței la antimicrobiene, Agenția Națională pentru Sănătate Publică, Chișinău, Republica Moldova https://orcid.org/0000-0002-4424-3501
Svetlana Colac Laboratorul științific Supravegherea rezistenței la antimicrobiene, Agenția Națională pentru Sănătate Publică, Chișinău, Republica Moldova https://orcid.org/0009-0006-4505-9948
Veronica Burlac Laboratorul științific Supravegherea rezistenței la antimicrobiene, Agenția Națională pentru Sănătate Publică, Chișinău, Republica Moldova https://orcid.org/0009-0005-5788-3451
Olga Burduniuc Laboratorul științific Supravegherea rezistenței la antimicrobiene, Agenția Națională pentru Sănătate Publică, Chișinău, Republica Moldova https://orcid.org/0000-0002-6944-0800

DOI:

https://doi.org/10.5281/zenodo.22070145

Cuvinte cheie:

secvențiere metagenomică, rezistom, rezistență la antimicrobiene, O Singură Sănătate

Rezumat

Obiective. Supravegherea rezistenței la antimicrobiene necesită compararea rezistomurilor între populația umană, sectorul animal și mediu, în condiții de eșantionare și analiză reproductibile. A fost realizat un reviu narativ cu extracție cantitativă, pentru identificarea modelelor de supraveghere metagenomică.

Metode. Au fost căutate lucrări în PubMed/MEDLINE, PubMed Central și Europe PMC pentru perioada 1 ianuarie 2019 – 14 iulie 2026. Din 48 de înregistrări, șase duplicate au fost eliminate, nouă publicații au fost excluse după titlu și/sau rezumat și 15 după lectura integrală. Au fost incluse 18 studii cu date cantitative și cu o componentă de supraveghere a rezistomului.

Rezultate. Patru studii (22,2%) au vizat populații umane, șase (33,3%) animale sau interfețe O Singură Sănătate, iar opt (44,4%) mediul. Douăsprezece studii (66,7%) au avut design transversal și/sau ecologic, patru (22,2%) au fost longitudinale sau cu probe pereche, iar două (11,1%) au fost re-analize globale. Dimensiunea eșantioanelor a variat între 59 și 490 de participanți și între 90 și 592 de probe animale sau O Singură Sănătate, ajungând la 757 de probe de ape uzate din 101 țări. Numai două studii au utilizat citiri lungi sau asamblare hibridă; în abordarea hibridă, citirile lungi generate pe platforme Oxford Nanopore Technologies au fost combinate cu citiri scurte Illumina pentru asocierea genă – element genetic mobil – gazdă.

Concluzii. Capătă prioritate extinderea secvențierii shotgun în biosubstrate umane eligibile, eșantionarea longitudinală și multi-punct a apelor reziduale, operaționalizarea componentei animale și validarea rezultatelor prin cultură, antibiogramă și secvențierea izolatelor. Fluxurile bioinformatice versionate și metadatele standardizate sunt condiții ale comparabilității.